Yukos vào những năm cuối cùng được lãnh đạo bởi Mikhail Khodorkovsky, một tỷ phú hoạt động chính trị tích cực. Tập đoàn này được quốc tế biết tới qua những vụ bắt bớ các người điều hành cũng như những biện pháp giới hạn hoạt động của chính quyền Kreml, khiến tập đoàn gặp những khó khăn về kinh tế và tài chánh. Khodorkovsky cũng như doanh nhân Platon Lebedev bị buộc tội trốn thuế. Cả hai bị xử tù nhiều năm. Người ta phỏng đoán lý do là vì Khodorkovsky được đề nghị tranh cử tổng thống, cũng như việc chính phủ Nga muốn nắm quyền kiểm soát tập đoàn này. Tổng thống Nga, Putin, chỉ trích những sự giúp đỡ của tập đoàn này cho các cơ sở giáo dục và các phương tiện truyền thông. Những giúp đỡ hầu tạo nên một thể chế đa nguyên, cả trong vấn đề ngôn luận và các cơ sở truyền thông không hợp ý với Putin. Ngoài ra, vấn đề các nhà đầu tư Hoa Kỳ nhảy vào thị trường Nga qua Yukos được cho là lý do chính phủ Nga đã can thiệp vào.

Yukos bị nhà nước bán đi gây nhiều tranh cãi trong làn sóng tư nhân hóa sau khi Liên Xô bị sụp đổ. Việc mua lại Yukos xảy ra trong một cuộc bán đấu giá kín, được nhà băng Menatep tổ chức, mà lại là tổ chức trả giá duy nhất. Menatep trong vài năm trước đã trở thành một nhà băng giàu có về tài chánh, phần lớn cũng nhờ Khodorkovsky, lúc đó là phó bộ trưởng dầu hỏa và năng lượng dưới thời tổng thống Boris Nikolayevich Yeltsin giao phó cho việc điều hành nhiều chương trình đầu tư. Sau đó Yukos được bán cho một nhóm đầu tư quốc tế. Người có phần hùn nhiều nhất chính là Khodorkovsky.

Các nhà kinh tế phương Tây một mặt đánh giá cao sự uyển chuyển và mức thu nhập của tập đoàn này, mặt khác họ cho là Yukos có một chính sách không lương thiện đối với các cổ đông nhỏ. Điều đó tuy nhiên đến năm 2001 đã tiến bộ hơn. Vào những năm cuối Yukos có doanh thu tăng từ 30 đến 104% và tiền lời đến 50%. Việc này làm cho cổ phiếu của Yukos rất được ưa chuộng trong giới cổ đông, không chỉ ở Nga (2000: 9,8 tỷ dollars). Nó đầu tư rất nhiều về lãnh vực năng lượng:

• Tham dự vào nhiều hãng năng lượng địa phương như Belgorod, Kuban và Tomskenergo
• Lập Joint Venture với TotalFinaElf để khoan dầu tại Hắc Hải và với hãng MOL của Hungary (2002)
• Mua 49 % hãng thiết kế hệ thống ống dẫn dầu Transpetrol của Slovakia

Mỗi ngày Yukos hút lên được 1,7 triệu Barrel dầu, khoảng 15% lượng dầu khai thác được ở Nga.

Vào tháng 7 năm 2006 tổng giám đốc hãng Steven Theede tuyên bố từ chức, vì tập đoàn bị xét xử phá sản. Theo các nhà quan sát phương Tây, mục đích của chính phủ Nga, là để giải thể Yukos và sáp nhập nó vào doanh nghiệp chính phủ Rosneft.[2] Vào ngày 1 tháng 8 năm 2006 một tòa án Moskva đã xác nhận sự phá sản của Yukos và giải thể nó.